1.生物学分类不同。墨鱼属于乌贼目乌贼科，体内有坚硬的石灰质内壳（俗称“墨鱼骨”或“海螵蛸”），而鱿鱼属于枪形目枪乌贼科，其内壳退化为透明角质软骨。

2.形态特征差异明显。墨鱼身体宽扁呈袋状或椭圆形，触腕10条（8短2长），吸盘排列密集，体侧有宽大的裙边状肉鳍；鱿鱼则身体细长呈圆锥形或火箭状，触腕同样为10条（8短2长），但吸盘带有锯齿状结构，仅尾部末端有三角形肉鳍。

3.生活习性各有特点。墨鱼偏好暖流，栖息于浅海泥沙或岩石缝隙中，行动缓慢，多为夜行性，以小型甲壳类、浮游生物为主食；鱿鱼适应寒流，活动于中上层水域，游动速度快，常集群捕食，以小鱼、甲壳类及同类为食。

4.营养价值与口感存在区别。墨鱼蛋白质含量高，适合女性滋补（补血益气），胆固醇主要集中在内脏，可食部分较低，肉质细嫩、弹性足，适合炖煮；鱿鱼富含牛磺酸，低脂低热量，适合健身人群，胆固醇以高密度为主，对血管有益，肉质柔滑带嚼劲，适合烧烤、爆炒。

5.辨别方法简便易行。通过触压内壳可区分，墨鱼内壳坚硬，鱿鱼内壳软弹；观察墨囊，墨鱼墨囊发达，鱿鱼墨囊较小或无；体型对比，墨鱼短粗，鱿鱼修长。