备受关注的新皇岗口岸于10月12日早上6时30分正式开通运行。作为深港之间唯一保持24小时全天候通关的旅检陆路口岸，新口岸启用后，原有的临时旅检楼以及香港落马洲管制站旅检服务已同步停止使用。重建后的联检大楼大幅提升了通关能力，单日设计客流量可达20万人次。
本次新口岸开通带来的最大改变在于通关模式的创新。新皇岗口岸全面实施“一地两检”以及“合作查验、一次放行”的查验模式。旅客在同一座大楼内即可完成两地出入境手续，彻底告别了过去需要在两地口岸分别排队、中途还需换乘摆渡车（皇巴）的繁琐流程。在合作查验自助通道，旅客只需排一次队，通过“读取证件、比对人脸及指纹、核实放行”三道闸门，最快数十秒即可完成核验，整体通关时间由过去的约30分钟大幅缩短至约5分钟。大楼内共设有134条自助通道和68个人工柜台，持有效赴港签注的内地居民通行证持有人、回乡证持有人等符合条件的旅客均可使用自助通道，带老人、小孩或证件异常者则可走人工通道办理。
新皇岗口岸联检大楼采用多层垂直叠加设计，实行严格的人车分流，掌握清晰的楼层动线是快速通关的关键。
前往香港方向的旅客，在到达口岸后需前往大楼L4层（出境大厅）办理通关手续。通关完成后，顺着扶梯或直梯下至L2层的港方公共运输交汇处，即可直接换乘前往香港各区的交通工具。
从香港返回深圳的旅客，搭乘交通工具抵达L2层后，需乘坐电梯上至L5层（入境大厅）办理入境手续。完成通关后，再根据需求下到地下各层换乘深圳市内的公共交通。
在深圳侧的交通接驳方面，公共交通无缝衔接提供了极大的便利。乘坐深圳地铁7号线到达“皇岗口岸站”后，旅客由B2层地下通道可直达联检大楼，无需走出地面。乘坐公交车的旅客在B1层场站上下客。打车或自驾出行需特别注意定位与分流：出租车上下客专区设在B1层，而网约车上落客及社会车辆停车场则设在B3层。由于口岸周边实行严管，百合二路等路段全线禁止违停和路边临时上落客，打车时建议精准定位至“B1出租车”或“B3网约车上客区”，自驾车可将车辆停放于B3或B4层停车场。此外，导航时切记选择“新皇岗口岸联检大楼”，切勿错选已关闭的旧临时口岸。
在香港侧的交通接驳方面，过关后所在的L2层汇聚了丰富的交通选择。现场设有7条专营巴士线路（如开往葵芳的B10、天水围的B11、中环的B13、启德的B14等），以及6条专线小巴线路，可直达香港多个核心区域及港铁转车站。需要提醒的是，港方口岸区并未直接连接港铁东铁线，如需乘坐港铁需先搭乘巴士或小巴接驳。针对深夜通关的旅客，L2层提供有NB73、N44B等通宵巴士和小巴，以及5条24小时运营的短途跨境巴士（覆盖旺角、油尖、湾仔、观塘、荃湾及迪士尼方向）。虽然口岸24小时通关，但并非所有普通专营巴士都是全天候运营，深夜出行前建议提前查询通宵线路班次。
新皇岗口岸不仅在功能上实现了高效便捷，在设计与便民服务上也进行了全面升级。大楼内设有“深圳之眼”落地玻璃观景区、杜鹃花主题天花设计等打卡点，并配备了免费Wi-Fi、育婴室、高低洗手盆等设施齐全的家庭洗手间、无障碍电梯以及智能咨询机器人。对于首次使用“合作查验”自助通道的旅客，首次通关时需携带实体证件完成信息授权登记，完成登记后即可享受更加顺畅的刷脸通关体验。
