许多观众认为，《阿凡达3：火与烬》在剧情和设定上存在诸多槽点，使其更像是一部视觉特效展示片，而非一部情节丰满的续作。
最集中的批评指向了剧情的重复与套路化。不少评论指出，第三部的故事主线与前两部，尤其是《水之道》高度雷同，感觉像是用前作剩余的素材剪辑而成。影片的副标题“火与烬”名不副实，因为大部分情节，包括最终决战，依然发生在海洋场景。新加入的“灰烬族”本应是核心元素，但在影片中却沦为边缘角色，戏份极少。备受期待的灰烬族女祭司登场惊艳，但很快就陷入与反派的感情戏，角色魅力与战斗力迅速下滑，沦为功能性的“花瓶”角色，让观众大失所望。整个族群的存在感薄弱，并未对主线剧情产生实质性影响。
新角色的塑造普遍被认为单薄且工具化。例如，上映前被宣传为重要新势力的“空中商人”，在正片中几乎是纯粹的炮灰，早早全员下线后便被所有角色遗忘，未能体现其“立场复杂、带来不确定性”的设定，仅仅是为展示新的视觉奇观服务。而贯穿系列的反派上校与主角杰克的对抗也让观众感到审美疲劳。有观点认为，两人连斗三部，谁也无法真正消灭谁，关系已因“蜘蛛”的存在而变得复杂，更像是意气之争而非生死对决。与其无休止地拉扯，不如安排和解，或引入一个更有分量的新反派。
影片的战斗逻辑和设定也引发了广泛讨论。一方面，人类军队的战斗力被认为削弱得过于严重。拥有跨星系航行技术的人类，在潘多拉星球上的战术却显得相当原始，缺乏有效的防空武器和侦察手段，甚至会被图鲲这样的庞然大物轻易摸到舰队底部。另一方面，纳威人的成长也显得停滞不前，十几年过去，面对科技碾压的敌人，他们的主要战术依旧是骑着飞龙射弓箭，并未“师夷长技以制夷”。主角“魅影骑士”的设定也略显鸡肋，其在战场上的作用更多是精神象征，两次扭转战局的关键都依赖于“爱娃显灵”，召唤潘多拉的生物进行围攻，这种“天降神兵”式的解决方法，削弱了主角团努力的价值，也让冲突的解决显得不够爽快。
影片的节奏和时长也成为一大槽点。超过三小时的片长对观众的精力是不小的考验，许多人反映影片前中段充斥着大量冗长乏味的对话和文戏，叙事节奏缓慢，让人感到拖沓。虽然特效场面依旧顶级，但相较于前作并未实现革命性的技术突破，当观众对视觉奇观的新鲜感褪去后，剧情的短板便暴露无遗。观众普遍认可《阿凡达3》在视觉效果上依然是行业天花板，但剧情的原地踏步、人物设定的浪费以及拖沓的节奏，使其成为一部“视效大于剧情”的作品，更适合不带脑子纯粹享受特效的观众。
