《三角洲行动》全新“裂变”赛季的故事围绕一场一触即发的核危机展开。故事的开端，AZ3核心反应堆濒临过载，G.T.I.特遣队收到一名工程师的紧急求救信号后，迅速展开救援行动。然而，在突入途中，他们遭遇了一位神秘的脑机特工H1000的拦截，使得本就危急的局势变得更加复杂。
这位名为H1000的新首领是本赛季故事的核心反派，他以“西装暴徒”的形象登场，配备脑机接口和机械手，战斗力强悍。更重要的是他与游戏中的干员“无名”之间有着不为人知的过往。两人曾是情同手足的战友，但如今H1000已被改造，反目成仇，追杀昔日的兄弟。这场“兄弟裂痕”构成了赛季主线剧情中最具戏剧性的冲突，一场宿命对决不可避免。
“裂变”赛季的故事舞台主要设定在危机四伏的AZ3核电站。这张新地图引入了独特的核辐射机制，环境本身就是一种持续的威胁。除了与H1000的直接对抗，赛季故事中还包含了一段感人至深的插曲。在“紧急停堆”任务中，一位名叫伊扎克·哈达韦的博士成为了关键人物。在任务的最后关头，面对失控坠落的直升机，长期受到辐射侵害的哈达韦博士做出了牺牲的选择。他将玩家推向安全地带，把唯一的生还机会留给了别人，自己则与坠毁的飞机一同消逝。这一幕最初曾被误解为“背刺”，但当玩家们发现真相后，博士舍己为人的行为赢得了广泛的敬意。
此外，故事中还引入了名为“液氮”的全新工程型干员。剧情暗示他与“无名”似乎也有着共同的过去，为破碎的旧关系和潜在的新联盟增添了更多悬念。
“裂变”这一主题贯穿了整个赛季的故事线。它不仅指核反应堆的物理裂变，更象征着人际关系的“裂变”——兄弟反目、旧日恩怨与绝境中的人性抉择。整个故事在紧张的战斗与对决中，穿插了关于牺牲与守护的沉重注脚，为玩家呈现了一场充满戏剧张力的叙事体验。
