R深度学习：安装DEP包报错的解决方法

1: In install.packages(...) : 安装程序包‘ncdf4’时退出狀態的值不是0 2: In install.packages(...) : 安装程序包‘mzR’时退出狀態的值不是0 3: In install.packages(...) : 安装程序包‘MSnbase’时退出狀態的值不是0 4: In install.packages(...) : 安装程序包‘DEP’时退出狀態的值不是0 5: In install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, contriburl = contriburl, : 安装程序包‘textshaping’时退出狀態的值不是0 6: In install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, contriburl = contriburl, : 安装程序包‘ragg’时退出狀態的值不是0 7: In install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, contriburl = contriburl, : 安装程序包‘tidyverse’时退出狀態的值不是0

用BiocManager::install("DEP")命令安装DEP出现上面的报错，如何解决呢？

第一步、解决安装程序包‘ncdf4’时退出狀態的值不是0

先是终端输入下面的命令：

sudo apt-get install libnetcdf-dev

之后rstudio输入下面的命令：

install.packages("网址自己找://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ncdf4/ncdf4_1.17.tar.gz",repos = NULL,type = "source")

看下图，解决了“安装程序包‘ncdf4’时退出狀態的值不是0”的问题了：

第2步、解决 “安装程序包‘mzR’时退出狀態的值不是0”

Rstudio输入下面的命令回车：

BiocManager::install("mzR")

但询问你Update all/some/none?的时候，选择a：

安装上面的步骤就能成功解决mzR的报错问题。

第3步、安装程序包‘MSnbase’时退出狀態的值不是0

Rstudio输入下面的命令回车：

BiocManager::install("MSnbase")

可以成功解决安装程序包‘MSnbase’时退出狀態的值不是0的问题，见下图：

第4步、安装程序包‘textshaping’时退出狀態的值不是0

我发现，无法在Rstudio里面，用下面的命令解决问题：

install.packages("textshaping")

报错原因是缺了两个东西，一个叫做No package 'harfbuzz' found，另外缺少一个No package 'fribidi' found：

如果你输入install.packages('harfbuzz')来安装的话，会出现下面的报错，证明'harfbuzz'这个包不是这样安装的，至少你要指定它的安装源：

找到textshaping的安装源，将textshaping-0.3.7.tar.gz文件下载到电脑上，然后手动安装这个包：

手动安装方法是，点击rstudio软件右边的Packages按钮，然后会弹出下图的界面，选择你下载到电脑的textshaping-0.3.7.tar.gz文件，然后点击“Install”按钮即可手动安装：

可是，我发现，安装textshaping-0.3.7.tar.gz时依然报错：

报错原因依然是缺了两个东西，一个叫做No package 'harfbuzz' found，另外缺少一个No package 'fribidi' found。

首先去github下载下面的这个文件，然后在Rstudio手动安装它：

harfbuzz-8.4.0.tar.gz

发现还是报错。

最后解决“安装程序包‘textshaping’时退出狀態的值不是0”的方法

终端输入下面的命令：

sudo apt install libharfbuzz-dev libfribidi-dev libtiff5-dev

如果出现下图的“依赖关系”提示，则用下面的命令解决：

然后Rstudio手动安装textshaping-0.3.7.tar.gz文件即可（见下图，成功解决textshaping）。

第5步，解决“安装程序包‘ragg’时退出狀態的值不是0”

下载ragg这个安装包，地址见下图：

手动安装这个ragg的gz安装包，就可以解决问题了：

第6步、解决“ 安装程序包‘tidyverse’时退出狀態的值不是0”

在rstudio里面，用下面的命令安装：

install.packages("tidyverse")

看见done（tidyverse）代表安装成功：

第7步、再次安装DEP

在Rstudio依次输入下面的命令来安装DEP：

library(ncdf4)

library(mzR)

library(MSnbase)

library(ragg)

library(textshaping)

library(tidyverse)

BiocManager::install("DEP")

看见done（DEP）代表安装成功：

全文完，谢谢观看。

作者声明本文无利益相关，欢迎值友理性交流，和谐讨论～