根据提供的内容，《生化危机 9：安魂曲》描绘了一个发生在“浣熊市事件”约三十年后的故事，旨在为系列旧有的一些故事线画上句点，并开启新的篇章。
游戏的故事始于一个出人意料的后遗症：当年从浣熊市逃出来的幸存者们，虽然没有变成丧尸，但体内残留的T病毒在近三十年后开始集中爆发，导致了多起死亡事件。游戏的女主角，FBI文职分析员格蕾丝·阿什克罗夫特，正是在调查“鹪木旅馆”发生的一系列离奇命案时，被卷入了这场新的生化危机之中。
故事的核心围绕着一个名为“厄尔庇斯”（Elpis）的物品展开。这是安布雷拉公司的创始人斯宾塞晚年秘密研发的成果，名为希望女神，实际上是一种能治愈所有病毒的特效药。然而，由于斯宾塞从未公开其真实用途，导致反派维克托和一名威斯克的克隆体都误以为“厄尔庇斯”是终极生物武器，并试图将其据为己有。他们知道“厄尔庇斯”藏在浣熊市地下的秘密设施“方舟”中，但缺少开启方舟的“钥匙”——格蕾丝。格蕾丝的母亲曾是相关研究人员，并将开启方舟的线索以只有格蕾丝能理解的方式留给了她。
游戏的开端，维克托设下圈套，将格蕾丝引诱至她童年时与母亲待过的鹪木旅馆，并成功将其抓获。就在此时，DSO的资深特工里昂·S·肯尼迪也前来调查，与维克托遭遇。维克托在带着格蕾丝撤离的同时，在他们要去往的驻地——一家明面上的慢性病疗养院——散播了病毒。
疗养院随即爆发了大规模的病毒感染事件。里昂追踪而至，却与格蕾丝一同被困并分隔开来。由此，游戏采用了双主角交叉叙事的模式。格蕾丝的路线侧重于“生存恐怖”，作为一个没有任何战斗经验的普通人，她必须在恐惧中利用智慧和有限的资源求生，同时还要保护一位失明的实验体小女孩艾米丽。而里昂的路线则更偏向“战斗爽快”，展现了他作为资深特工的强大战斗能力。
在逃离疗养院的过程中，艾米丽不幸变异，里昂出手将其击倒（但并未杀死）。格蕾丝误以为里昂杀害了小女孩，在目睹了太多死亡后精神崩溃，选择跟随维克托离开。里昂则继续追击，并在老搭档雪莉·博金的情报支持下，重返已成废墟的浣熊市。
故事的终局在浣熊市地下的“方舟”内展开。里昂救下格蕾丝，但自己体内的T病毒后遗症也濒临发作。关键时刻，格蕾丝成功启动了“厄尔庇斯”。威斯克克隆体注射后力量大减，而里昂注射后则恢复至满状态。此时，反派们才恍然大悟，“厄尔庇斯”并非武器，而是解药。愤怒的维克托（已注射寄生虫）杀死了威斯克克隆体，并变身为最终Boss，但最终被满血的里昂击败。在故事的结尾，里昂在克里斯派来的小队支援下成功逃脱。
格蕾丝这个角色在故事中经历了显著的成长，从一个胆怯的普通文职人员，成长为一个勇敢、善良且足智多谋的幸存者。她并非等待救援的“花瓶”，而是凭借自身的勇气与智慧，在绝境中数次保护他人，并最终成为拯救里昂的关键人物。她的存在，也让游戏得以在一部作品中同时呈现出经典的生存恐怖体验与紧张刺激的动作战斗两种风格。
