如果你是一个"听说过 AlphaFold 3、但一直没真正用上"的生物/医学方向研究生，2026 年 7 月是最值得关注的一个月。Google DeepMind 没有开发布会，只在 GitHub 上悄悄做了两件事。7 月 23 日，官方删掉了权重申请表，AlphaFold 3 完整模型权重变成人人可直接下载。知乎7 月 28 日，v3.0.4 版本更新，新增 CPU-only 和 Apple Silicon 支持。GitHub再加上 8 月这波 AI4S（AI for Science）的讨论热潮和新手涌入，现在确实是上手 AF3 门槛最低的时候。
但"容易上手"不等于"随便选一条都行"。今天把普通研究生此刻能用的免费路线全部摆开：各自的边界、隐藏成本，以及你到底适合哪一条。
先说清楚，AF3 能干什么
和只能预测单条蛋白链的 AlphaFold 2 不同，AF3 做的是复合物：蛋白质、DNA、RNA、小分子配体、离子，都能放在一起做结构预测。Nature想看一个蛋白和药物分子怎么结合，它是目前这类问题里最重要的免费工具。
路线一：官方在线 AlphaFold Server，门槛最低、配额最紧
打开 alphafoldserver.com，用 Google 账号登录，选分子类型、粘贴序列、提交、等结果，全程像填一张在线表格。知乎小红书结果文件可以直接下载，再用 PyMOL 这类可视化软件打开。
代价有三个。第一，需要 Google 账号和可用的网络环境，对不少同学来说真正的第一道门槛其实是注册 Google 账号本身，社区里甚至有教程专门写到新账号被封后的申诉流程。知乎第二，免费配额有限，从社区用户晒出的界面截图看是每天 20 次，页面右上角直接显示剩余额度，每提交一次少一次。第三，只能一条条跑，不能批量、不能脚本化，想对接几百个化合物，这条路走不通。
结论：偶尔预测一两个结构、第一次体验，走这条完全够；把它当产能，不行。
路线二：本地部署 v3.0.4，七月门槛大降，但硬件账单还在
7 月 23 日这次变化，一句话概括：下载权限公开了，使用权限没有。代码早在 6 月就换成了宽松的 Apache 2.0 许可。GitHub但模型权重仍受官方《Model Parameters Terms of Use》约束，核心一条：非商业用途。GitHub尤其提醒高校实验室：如果项目实际是企业委托，计算机放在大学实验室里，并不会自动变成"非商业"。
硬件账单没怎么变：光是序列数据库，下载约 252 GB，解压后约 630 GB，官方推荐放在 SSD。知乎官方做过完整性能验证的硬件，仍以 80GB 显存的 A100/H100 为主。
好消息是 v3.0.4 新增 CPU-only 和 Apple Silicon 支持，MacBook 现在也能跑 AF3 了。但别误会：能跑和跑得快是两回事，CPU 推理适合拿一两个小任务练手，不适合真干活。如果你实验室正好有 80GB 显存的卡想走本地路线，我们之前单独写过一篇，把磁盘、显存、许可这三笔账算细了，这篇不重复。
路线三：开源替代生态，商业项目请走这扇门
如果是商业研发，AF3 权重的许可边界基本等于"请绕行"。好在近两年开源结构预测生态已经成型，Boltz 系列、ESMFold 等，许可更宽松、表现也值得认真对待。这是另一个大话题，后面单独聊。
决策树：30 秒选好你的路线
只想看一个蛋白的结构、验证一个互作：直接走在线 Server，10 分钟上手。
每月有几十个预测任务、会写一点 Python：租云 GPU 或用实验室服务器，本地部署 v3.0.4。
商业项目：别碰 AF3 权重，看开源替代。
只是好奇、不想跑模型：AlphaFold Database 里有海量已算好的结构，免费下载，多数常见蛋白直接就能查到。
两个坑，比你想象的更常有人踩
第一，组会汇报、论文写作里别说"AF3 开源了"。准确说法是：代码开源（Apache 2.0），权重免费下载但限非商业。知乎少说一个定语，就是许可问题。
第二，别迷信 AF3 输出的漂亮图。结果里的置信度指标是有明确读法的：单体看 pLDDT，90 以上基本可信，50–70 要谨慎，低于 50 的区域连三维坐标都不建议直接解释。知乎复合物还要看 ipTM，低于 0.5 基本说明链间互作不可信。小红书AF3 也不能按需预测指定构象，更回答不了"结合得牢不牢"。把结构预测当假设生成器，不是结论生成器，拿到结构后让湿实验尽快去证伪。
值得继续盯的信号
7 月底，谷歌把原 AlphaFold 团队解散、资源并入 Gemini 线。机器之心诺奖得主 John Jumper 也去了 Anthropic。但单看 AF3 自己的更新节奏，今年 v3.0.2、v3.0.3、v3.0.4 三个月连发三版，维护仍在正常推进。知乎接下来建议盯两件事：一是 Server 免费配额是否扩容或收紧，二是开源替代追 AF3 的速度——这决定这份路线图什么时候该重画。
