R深度学习基础：Rstudio出现package ‘XXX’is not available for this version of R的解决方法

本文以安装“clusterProfiler”包为例进行说明。

Warning in install.packages : package ‘clusterProfiler’ is not available for this version of R A version of this package for your version of R might be available elsewhere, see the ideas at

Rstudio安装包时出现

这是因为没有指定特定的“存储源”引起的，也就是R找不到名叫“clusterProfiler”的存储源，因此只能报错。首先找到该包的源，然后接着安装。对于clusterProfiler这个包来说，可以通过BiocManager来安装：

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))

install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("clusterProfiler")

将上面的3条命令输入Rstuio并回车后，就会自动安装"clusterProfiler"了，安装过程中，出现下图的提示，选择a，然后回车：

如果安装结束后，出现下面的提示，代表需要先解决‘systemfonts’、‘ggforce’、‘ggraph’、‘scatterpie’、‘enrichplot’等5个包，才能正常的安装"clusterProfiler"包。

第一步、解决‘systemfonts’：

安装‘systemfonts’时的报错提示：

* installing *source* package ‘systemfonts’ ... ** 成功将‘systemfonts’程序包解包并MD5和检查 ** using staged installation Package fontconfig was not found in the pkg-config search path. Perhaps you should add the directory containing `fontconfig.pc' to the PKG_CONFIG_PATH environment variable No package 'fontconfig' found

打开终端，输入下面的命令查找fontconfig.pc:

可以看见，fontconfig.pc的位置在

libfontconfig-dev: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/pkgconfig/fontconfig.pc

之后用下面的命令定义fontconfig.pc的位置：

export PKG_CONFIG_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/pkgconfig

再次在R里面安装，仍然报错，但是R提示需要安装libfontconfig1-dev, 按照R的提示，在终端用sudo apt install libfontconfig1-dev，然后继续：

再次安装‘systemfonts’，终于成功，不报错了：

第2步、解决‘ggforce’

直接用install.packages("ggforce")命令解决，安装过程中没报错：

第3步、安装‘ggraph’

这一步也是直接用install.packages("ggraph")命令解决，安装过程中也没报错：

第4步、安装‘scatterpie’

用install.packages("scatterpie")命令解决，安装过程中也没报错：

第5步、安装‘enrichplot’

输入install.packages("enrichplot")命令进行安装，再次报错：

Warning in install.packages : package ‘enrichplot’ is not available for this version of R A version of this package for your version of R might be available elsewhere, see the ideas at

用下面的命令解决：

BiocManager::install("enrichplot")

第6步、再次安装"clusterProfiler"

用下面的命令再次安装clusterProfiler，这次一次性成功：

BiocManager::install("clusterProfiler")

出现package ‘XXX’ is not available for this version of R报错的解决思路：

1、检查包的名字是否拼写错误，注意大小写，R是区分大小写的。

2、选择正确的“源”位置，用setRepositories()命令设置“源”的位置：

设置好之后，用下面的命令测试包是否在源里面：

ap <- available.packages()

View(ap)

"clusterProfiler" %in% rownames(ap)

用上面的2条命令测试"clusterProfiler"这个包是否在源里面，如果返回结果时FALSE，代表源里面找不到包，这时候，你就要在源之外的其他地方找了。

注意：使用View(ap)

"clusterProfiler" %in% rownames(ap)

这个命令的时候，你的包名字，要放在"clusterProfiler"的位置，如果包名是“A”，就将"clusterProfiler" 替换成“A”。

见上图，如果返回结果是FALSE，代表这个源里面，没有"clusterProfiler" 。

本文是指定BiocManager::install("clusterProfiler")来安装"clusterProfiler" 的。

全文完，谢谢观看。

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